酶切图谱
图谱介绍:DNA限制性内切酶酶切图谱,又称DNA的物理图谱,它由一系列位置确定的多种限制性内切酶酶切位点组成,以直线或环状图式表示。在DNA序列分析、基因组的功能图谱绘制、DNA的无性繁殖、基因文库的构建等工作中,建立限制性内切酶图谱都是不可缺少的环节,近年来发展起来的RFLP(限制性的片段长度多态性)技术更是建立在它的基础上。
构建方法:构建DNA限制性内切酶图谱有许多方法。通常结合使用多种限制性内切酶,通过综合分析多种酶单切及不同组合的多种酶同时切所得到的限制性的片段大小来确定各种酶的酶切位点及其相对位置。酶切图谱的使用价值依赖于它的准确性和准确程度。
制作过程:在酶切图谱制作过程中,为了获得条带清晰的电泳图谱,一般DNA用量约为0.5-1μg。限制性内切酶的酶解反应zui适条件各不相同,各种酶有其相应的酶切缓冲液和zui适反应温度(大多数为37℃)。对质粒DNA酶切反应而言,限制性内切酶用量可按标准体系1μg DNA加1单位酶,消化1-2小时。但要完全酶解则必须增加酶的用量,一般增加2-3倍,内切酶,甚至更多,反应时间也要适当延长。
根据限制酶的结构,辅因子的需求切位与作用方式,可将限制酶分为三种类型,分别是第yi型(Type I)、第二型(Type II)及第三型(Type III)。
第yi型限制酶同时具有修饰(modification)及认知切割(restriction)的作用;另有认知(recognize)DNA上特定碱基序列的能力,通常其切割位(cleavage site)距离认知位(recognition)可达数千个碱基之远。例如:EcoB、EcoK。
第二型限制酶只具有认知切割的作用,修饰作用由其他酵素进行。所认知的位置多为短的回文序列(palindrome sequence);所剪切的碱基序列通常即为所认知的序列。是遗传工程上,实用性较高的限制酶种类。例如:EcoRI、HindIII。
第三型限制酶与第yi型限制酶类似,同时具有修饰及认知切割的作用。可认知短的不对称序列,切割位与认知序列约距24-26个碱基对。例如:EcoPI、HinfIII。
限制酶的特点
限制酶是识别特定的核苷酸序列,并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶。
根据酶的功能特性、大小及反应时所需的辅助因子,限制性内切酶可分为两大类,即I类酶和Ⅱ酶。早先从大肠杆1菌中发现的EcoK、EcoB就属于I类酶。
其分子量较大;反应过程中除需Mg2 外,还需要S-腺苷-L甲硫氨酸、ATP;在DNA分子上没有特异性的酶解片断,这是I、Ⅱ类酶之间zui明显的差异。
Ⅱ类酶有EcoR I、BamH I、Hind Ⅱ、Hind Ⅲ等。其分子量小于105道尔顿;反应只需Mg2 ;重要的是在所识别的特定碱基顺序上有特异性的切点,因而DNA分子经过Ⅱ类酶作用后,可产生特异性的酶解片断,这些片断可用凝胶电泳法进行分离、鉴别。
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