15.测序发现引物有突变是怎么回事?
答:测序发现引物区域有突变,特别是40个碱基以下的引物, 发生的概率不大,但是肯定也会发生。用户一般可以放心,引物序列一般都是通过电脑直接将您的序列COPY到合成仪的,碱基输错的机会不多。核酸合成公司一般会有一套控制办法,预防碱基输入错误。发生这种突变的原因有很多解释,人们还没有办法解决这个问题。引物合成的固相合成原理都一样,采用的机器也基本相同,合成主要原料都是由可数的几家跨国公司提供的,所有每个合成服务商遇到的问题也基本类似,没有人可以**脱。
引物合成是一种多步骤的化学反应,合成也就是99%,副产品不可以避免。引物序列中插入突变往往是碱基重复,一般认为,偶连过程中,正在偶连的部分单体发生丢失DMT,导致单体又接了上去,故发生插入同一碱基的突变。至于缺失突变,一般认为是一般认为是带帽(capping)反应不造成的,Caping反应主要是封闭数5′-羟基没有参加反应单体。被封闭的引物,在下一轮偶连时将不能继续参与合成。对于碱基置换的突变,产生的原因一般认为是碱基不能**脱保护,即引物上可能含有残留保护基团,引物的这些区域不能很好地与互补链配对,当扩增的产品被亚转化到大肠中,可能被细菌中修复系统补上了非配对的碱基。置换突变通常发生在G 转换成其它碱基。碱基G在一定条件下可以转化为烯醇异构体 (脱呤),2,6 diaminopurine , DNA和扩增过程中DNA聚合酶将2,6 diaminopurine看作碱基A,实时荧光定量pcr,测序就会发现碱基G-A置换。脱呤现象在富含呤的引物中发生的频率较高。脱呤的引物在引物后处理脱保护阶段如果被降解,荧光定量pcr,测序就会发现碱基G或A的缺失。
引物合成过程中,pcr,造成碱基插入,缺失,置换突变的因素客观存在,有不少降低发生的频率建议和措施,但是这些措施还停留在实验室阶段,还没有能够应用到规模化生产中。
注意事项
1. 为了避免蛋白质变性,不要对样品剧烈搅动和反复冻融。
2. 缓冲溶液成分尽量模拟细胞内环。。
3. 为了避免蛋白质的氧化,将 0.1~1 mmol/LDTT(二硫苏糖醇)(或 β-巯)加入到缓冲溶液中。
4. 为了避免重金属对目标蛋白的破坏,将 1~10 mmol/LEDTA 金属螯合剂加入。
5. 为了避免微生物生长,使用灭菌溶液。在纯化任何一种蛋白质的时候,均**时刻对它的稳定性注意维护,使它的活性得到保护,需要牢记如下一些通用的注意事项。
6. 尽可能置于冰上或者在冷库内进行操作。
7. 蛋白浓度不要太稀。
8. 除非是进行聚焦层。否则 pH 需要合适,防止所使用的缓冲溶液 pH 与 pI 相同,使蛋白质的沉淀得以避免。
9. 使用蛋白酶,避免蛋白酶对目标蛋白的降解;在纯化细胞中的蛋白质时,将 DNA 酶加入来使得 DNA 降解,避免 DNA 对蛋白的污染。
RIP
技术概述
RIP是研究体内蛋白与RNA互作的重要技术。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-RNA”互作复合物,裂解细胞后,用靶蛋白特异的抗l体(或标签抗l体)做免l疫沉淀,获得“靶蛋白-RNA”互作复合物,去交联分离其中的RNA;针对预测的靶蛋白结合RNA的序列设计引物,
做qPCR实验,验证预测的RNA是否与靶蛋白有结合,或者将分离出来的RNA做高通量测序,筛选到可能与靶蛋白结合的RNA。
技术流程
细胞交联-→细胞裂解-→免l疫共沉淀→去交联→RNA分离→建库→高通量测序(或qPCR)。
pcr-英瀚斯-实时荧光定量pcr由南京英瀚斯生物科技有限公司提供。南京英瀚斯生物科技有限公司是从事“组织病理,细胞生物,分子生物学平台,动物模型医学科研外包服务”的企业,公司秉承“诚信经营,用心服务”的理念,为您提供较好的产品和服务。欢迎来电咨询!联系人:戴经理。
南京英瀚斯生物科技有限公司的团队实体组建于2013年,前期以“东较生物”运营医学科研外包业务,是南京国有资产监委会参股的,专注于医学科研外包服务的地区**企业。根据团队发展需要,医学科研外包业务自2020年以“英瀚斯”**独立运营。“英瀚斯”为Enhancer音译,寓意“英瀚斯”能像Enhancer在基因表达中起到增强作用一样,促进客户的科研进程,提高实验效率,让客户的科研idea*付诸实施,真正做到“思考留给科学,实验外包出去”! 公司总部位于南京,在济南、西安、昆明、福州、合肥、乌鲁木齐、银川等地设有办事处,并于2015年在东南大学地区大学科技园内建设有完善的实验研发平台,包括标准动物实验室、细胞学实验室、分子生物学实验室和病理学检测实验室;公司已经通过了ISO9001质量管理体系认证,拥有技术平台,包括:动物实验平台、分子生物学平台、细胞生物学平台、组织病理学平台以及电生理检测等平台,可以为制药公司、医院、科研单位等科研工作者提供整体科研解决方案和医学科研服务。 公司目前拥有多项专li产品及技术,其中发明专li两项,软件著作权八项,实用新型专里三项,商标两件。公司先后获得“江苏省民营科技企业”、“江苏省科技型中小企业”、“江苏省专精特新中小企业”等荣誉资质,连续多年被评为“东南大学地区大学科技园企业”。2019年公司成为江苏省生物技术协会*七届理事会的特邀理事,成立了“李冬冬**工作室”,并获得了南京市“工人成员号”的荣誉称号。 英瀚斯(东较)生物始终以“信誉**,合作共赢”为发展原则提供高质量的医学科研外包服务,我们已经与来自各地几百家医院、企业及科研院所建立了长期的合作关系。南京英瀚斯,医学科研的增强子!合作只是起点,服务没有终点!我们致力于做**的医学科研外包服务商。