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吹扫并清洁气相色谱仪内部：
关闭气相色谱仪后，打开仪器的侧面板和后面板，使用空气或氮气吹扫仪器的内部灰尘，并使用软刷处理不容易沾满灰尘的区域。吹扫完成后，用水或擦洗气相色谱仪内部**污染的区域。对于水溶性**物，可以先用水擦拭。对于无法彻底清洁的区域，可以使用进行处理。或与水发生化学反应的**物质用不与之反应的清洗。需要注意的是，在擦拭气相色谱仪的过程中，不会造成腐蚀或二次污染到气相色谱仪表面或其他部分。
电路板的维护和清洁：
在准备进行气相色谱仪检修之前，需要切断仪器的电源。使用空气或氮气吹扫电路板和电路板插槽时，需要使用软刷清洁电路板和插槽上的灰尘部分。在操作过程中，需要戴上手套，以防止手上的静电或汗水影响气相色谱仪电路板上的某些组件。
液相色谱仪基线漂移解决方法
控制好柱子和流动相的温度，在检测器之前使用热交换器;
使用HPLC级的溶剂，高纯度的盐和添加剂。流动相在使用前进行脱气，使用中使用在线脱气或氦气脱气。
用甲醇或其他强极性溶剂冲洗流通池，如有需要，可以用1n的硝酸。(不要用盐酸)
取出阻塞物或更换管子。参考检测器手册更换流通池窗。
更改配比或流速。为避免这个问题可定期检查流动相组成及流速。
用中等强度的溶剂进行冲洗，更改流动相时，在分析前用10～20倍体积的新流动相对柱子进行冲洗。使用离子对试剂、缓冲盐较应注意平衡柱。
检查流动相的组成。使用高品质的化学试剂及HPLC级的溶剂
改变分析条件。使用保护柱，如有必要，在进样之间或在分析过程中，定期用强溶剂冲洗柱子。
重新设定基线。使用新的流动相。
将波长调整至大吸收波长处。重选检测波长。

液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
当流动相溶剂为乙腈时，流速为1ml/min泵的正常压力5～7Mpa之间，如果压力逐渐降低，基线也出现异常。这是由于乙氰的粘性大，导致泵的流速降低。可适当提高流速使泵的压力恢复正常即可。
流动相含有、、二、二氯甲烷、氯仿、、四氯呋南、二甲化砜等溶剂，会对流路中的PEEK树脂管路强度变成差、PEEK树脂管容易破裂使溶剂外溅。流动相含有卤素离子的溶剂，如KCI、NaCI、NH4CI等。对流路中的不锈钢材料有腐蚀作用，以上的溶剂须尽量避免使用。非用不可时，分析完了后，应立刻用蒸馏水把全流路清洗干净。
用于检定梯度等性能时，短时间使用在0.5%以下的低浓度水溶液是没有问题的。
注意：稀硝酸与甲醇不能混合，否则有可能会引起爆炸。

液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
在更换两种互不相溶的流动相时，中间要用异丙醇溶液清洗过渡。例如：先用甲醇水做流动相，然后在用正己烷做流动相时，一定要先用异丙醇溶液冲洗甲醇水，然后用正己烷冲洗异丙醇，反之也是一样。在更换流动相时还要考虑色谱柱是否更换。
仪器在短期（两三天）不用时，流路中可以是甲醇或水。仪器在长期不用时，流路中应用甲醇。
.对于UV等检测器用于高灵敏度检测时，要使用UV吸收性小的HPLC的溶剂作为流动相溶剂，如甲醇、乙腈等。

色谱柱使用误区
禁止样品未经处理直接进入色谱柱
避免将基质复杂的样品尤其是生物样品直接注入柱内，需要对样品进行预处理或者在进样器和色谱柱之间连接一保护柱。保护柱一般是填有相似固定相的短柱。保护柱可以而且应该经常更换。
禁止将缓冲溶液长时间存放在色谱柱内
保存色谱柱时应将柱内充满乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，防止溶剂挥发干燥。禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或较长时间。
如果样品的检测效果不理想，可以从三个方面来考虑改变气相色谱仪检测条件：
调节气相色谱仪程序升温，如改变初始温度，调节升温流速都可以改变分离效果；
调节气相色谱仪流速，速率调小，分离度增加；
在改变以上两个条件仍然不能改变分离度的情况下，就要更换气相色谱仪色谱柱了，选用合适的色谱柱。
无论怎么优化，目的就是为了能较好的分离。

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