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修改分子中的任何几何参数(距离、角度、二面角)。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移;
用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性(图5);
应用任意几何参数的迭代算法(图6);
一种易于使用的实用程序,用于将点群应用于分子(图8)。
Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素,例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素,从文件中提取所有可用数据:原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中(图1)。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式,并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化,包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算,通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外,Chemcraft概述了输出文件的基本部分,并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。
The Coord mode allows one to import or export coordinates of atoms in text format (in angstroms or Bohrs). When switching to this mode, the text with coordinates is refreshed according to current molecule; while switching from this mode to another, the molecule is refreshed by the text (if there have been changes made in the text). The format of entered text is very free (e.g., sections with atomic coordinates from Gaussian or GAMESS-US output files can be entered). The buttons Copy and Paste can be used to quickly copy the text into clipboard or from the clipboard into the textbox. Pressing Paste twice automatically switches to the Image mode. The text is automatically refreshed for current molecule by pressing "Show sequence" or "Angstroms/Bohrs", so pressing these control keys can restore accidentally corrupted or replaced text.
分子绘制的可能性
Chemcraft生成高质量的32位分子图像。它被设计成一个用于创建发布就绪图像的程序,不需要任何额外的修改。图片可以很容易地在原子/键和附加对象,如标签和线条。Chemcraft包含一个标准显示方案的。每个方案代表一组定义分子外观的参数:照明参数、单个原子和键的颜色和大小等。图10说明了四种方案。Chemcraft允许用户较个方案的参数,或者将自己的方案添加到中。Chemcraft的图形引擎不需要任何图形加速或额外的图形库。被很好的优化并提供,并提供高渲染速度,即使在过时的电脑。
Chemcraft包含一组便于**化计算的图形工具。它提供了方便的实用程序,有助于准备新的工作来计算和分析计算结果。其主要功能是对**化学包生成的输出文件的可视化。主要支持的软件包是Gamess(美国版本和PCGamess)和Gaussian94-09。
Chemcraft can convert fractional coordinates, used in crystallographic measurements, into Cartesian ones. For details see here.
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