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Automatic Homology & Template Structure Avoidance
Primer Premier automatically interprets the BLAST search results and avoids those regions to design primers that have significant cross homologies with the database. These homologous regions are highlighted in the sequence view and are avoided during primer search.
"I found that designing primers using Beacon Designer™ software has saved me many hours of analyzing potential primers. The program is very user friendly and the layout of the reports allowed all relevant information to be located easily." -Ms. Stacey Lynch, Department of Veterinary Science, Melbourne University, Australia.
PrimerPlex 多重PCR和高通量SNP基因分型和分析的Oligo设计
下一代测序分析
使用PrimePlex设计多重oligos,用于预先测序的样品制备和突变检测,如SNPs,DIPs(/插入多态性)和MNPs(多核苷酸多态性),就像点击几个按钮一样简单。
引物特
程序BLAST搜索在单个搜索运行中搜索多个序列。结果会自动解释,并在引物设计中避免识别出现的同源性,从而确保设计是高度特异的。
评估预设计的引物和探针
PrimerPlex可以使用预先设计的经过验证的oligos来构建复用集。在为每个序列了oligo之后,对它们的属性进行分析,并为发现的任何偏差提醒用户。对于预先设计的oligos不可用的序列,PrimerPlex设计它们,检查它们是否复用,并强调兼容性问题。然后用户可以决定接受这个设计或者创建一个单的池。这个功能在用户的手中提供了完全的控制。
添加MagPlex TAGs
该程序现在还支持一个MagPlex TAGs的数据库,以及MicroPlex xTAGs(以前称为FlexMAP TAGs),用于自动向每个ASPE引物添加适当的标签。标签是这样选择的,它们使二聚化小化,并且不折叠在它们所附着的oligo上。此外,用户可以覆盖程序的建议,并自己选择标签。如果标签不是的,或者选择的标签与oligo不兼容,PrimerPlex会向用户发出警报。
Multiplex PCR Primer Design Software
PrimerPlex is an efficient & sophisticated tool for designing primers for multiplex PCR. Multiplex assays facilitate amplification of multiple targets in a single reaction vessel, reducing both, the time and cost of experimentation.
Oligo Design for Multiplex PCR & High Throughput SNP Genotyping and Analysis
PrimerPlex is an efficient and sophisticated tool for designing oligos for multiplex assays. Multiplex assays facilitate amplification of multiple targets in a single reaction vessel, reducing both the time and cost of experimentation.
Primer Design for SNP Genotyping Assays
With Primer Premier, you can load sequences from dbSNP and have the primers designed flanking the SNP selected. Hundreds of unpublished SNPs can also be loaded by specifying them as variation features in standard GenBank/dbSNP files. After specifying the SNPs, primers can be designed to amplify them for detection using a probe-based chemistry
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