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分子结构合并
Chemcraft支持一组用于构造分子结构的工具,这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测。
合并多个结构
在使用该实用程序之前,应该选择几个原子以大程度地彼此靠近(图9这些原子标记为白色)。除了这个特性,Chemcraft还可以计算两个分子之间的均方根差值。
分子绘制的可能性
Chemcraft生成高质量的32位分子图像。它被设计成一个用于创建发布就绪图像的程序,不需要任何额外的修改。图片可以很容易地在原子/键和附加对象,如标签和线条。Chemcraft包含一个标准显示方案的。每个方案代表一组定义分子外观的参数:照明参数、单个原子和键的颜色和大小等。图10说明了四种方案。Chemcraft允许用户较个方案的参数,或者将自己的方案添加到中。Chemcraft的图形引擎不需要任何图形加速或额外的图形库。被很好的优化并提供,并提供高渲染速度,即使在过时的电脑。
Chemcraft for Gaussian users
We recommend to type #P GFINPUT POP(FULL, NBO) in Gaussian input files for visualization of Gaussian outputs via Chemcraft. #P option enables extended printout; GFINPUT option enables printout of basis set information (description of primitives in basis set), while POP(FULL) enables printout of all molecular orbitals coefficients (POP(REGULAR) can be also used). The latter two keywords allow Chemcraft to visualize molecular orbitals. POP(NBO) enables printout of Natural Bond Orbitals analysis, in which the bonds in the molecule are computed. All these keywords are advisable but not necessary. As for GAMESS files, different data from the file can be visualized: forces
The "Tools/Build Z-matrix/" menu item allows one to obtain a Z-matrix in text format by clicking atoms in current structure and specifying some additional information (e.g., whether current parameter is an angle or a dihedral). Before using this utility one should preliminarily obtain the structure of the molecule in Cartesian coordinates. For more details, see here
修改分子中的任何几何参数(距离、角度、二面角)。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移;
用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性(图5);
应用任意几何参数的迭代算法(图6);
一种易于使用的实用程序,用于将点群应用于分子(图8)。
Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素,例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素,从文件中提取所有可用数据:原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中(图1)。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式,并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化,包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算,通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外,Chemcraft概述了输出文件的基本部分,并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。
Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前,ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面:提供了能量的提取、偶较矩的可视化和一些原子性质,但没有分子轨道可视化等。
与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件,Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件(这些格式未被全面支持)和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式(.31-.40文件)、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口,这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能,用于晶体学测量和Cartesian,反之亦然,用于单数(a,b,c等)。
构建分子
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具,这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测:
从标准分子片段(自由基等)中构建分子,提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性;
修改分子中的任何几何参数(距离、角度、二面角)。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移;
用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性(图5);
应用任意几何参数的迭代算法(图6);
一种易于使用的实用程序,用于将点群应用于分子(图8)。
当“拖动”原子或执行其他结构修改时,任何几何参数都可以控制在图像上(见图5)。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并一些附加信息来建立的(图7)。在使用这个工具之前,首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。
在使用该实用程序之前,应该选择几个原子以大程度地彼此靠近(图9这些原子标记为白色)。除了这个特性,Chemcraft还可以计算两个分子之间的均方根差值。
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