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吹扫并清洁气相色谱仪内部：
关闭气相色谱仪后，打开仪器的侧面板和后面板，使用空气或氮气吹扫仪器的内部灰尘，并使用软刷处理不容易沾满灰尘的区域。吹扫完成后，用水或擦洗气相色谱仪内部**污染的区域。对于水溶性**物，可以先用水擦拭。对于无法彻底清洁的区域，可以使用进行处理。或与水发生化学反应的**物质用不与之反应的清洗。需要注意的是，在擦拭气相色谱仪的过程中，不会造成腐蚀或二次污染到气相色谱仪表面或其他部分。
电路板的维护和清洁：
在准备进行气相色谱仪检修之前，需要切断仪器的电源。使用空气或氮气吹扫电路板和电路板插槽时，需要使用软刷清洁电路板和插槽上的灰尘部分。在操作过程中，需要戴上手套，以防止手上的静电或汗水影响气相色谱仪电路板上的某些组件。
色谱柱使用误区
注意不是所有色谱柱都能反冲
一般来说色谱柱不能反冲，只有色谱柱使用说明书上标明该柱可反冲才可以反冲除去留在柱头上的杂质。否则，反冲色谱柱的影响是迅速降低柱效。
避免流动相使用不当而破坏固定相
选择使用适宜的流动相(尤其是pH)，以避免固定相被破坏。有时可以在进样器**连接一段预柱，分析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使流动相在进入分析柱之前预先被硅胶"饱和"，避免分析柱中的硅胶基质被溶解。

色谱柱使用误区
禁止色谱柱未经处理直接封存
色谱柱使用完成之后须使用相宜溶剂进行清洁处理，例如ODS柱宜用甲醇冲洗至基线平衡；当采用盐缓冲溶液作流动相时，使用完后应用无盐流动相冲洗；含卤族 元素(氟、氯、溴)的化合物可能会腐蚀不锈钢管道，不宜长期与之接触；装在液相色谱仪上的色谱柱如不经常使用，应每隔4-5天开机冲洗15分钟。

液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
在更换两种互不相溶的流动相时，中间要用异丙醇溶液清洗过渡。例如：先用甲醇水做流动相，然后在用正己烷做流动相时，一定要先用异丙醇溶液冲洗甲醇水，然后用正己烷冲洗异丙醇，反之也是一样。在更换流动相时还要考虑色谱柱是否更换。
仪器在短期（两三天）不用时，流路中可以是甲醇或水。仪器在长期不用时，流路中应用甲醇。
.对于UV等检测器用于高灵敏度检测时，要使用UV吸收性小的HPLC的溶剂作为流动相溶剂，如甲醇、乙腈等。

液相色谱仪基线漂移产生的原因
柱温波动。(即使是很小的温度变化都会引起基线的波动。通常影响示差检测器、电导检测器、较低灵敏度的紫外检测器或其它光电类检测器。)
流动相不均匀。(流动相条件变化引起的基线漂移大于温度导致的漂移。)
流通池被污染或有气体;
检测器出口阻塞。(高压造成流通池窗口破裂，产生噪音基线);
流动相配比不当或流速变化;
柱平衡慢，特别是流动相发生变化时;
流动相污染、变质或由低品质溶剂配成;
样品中有强保留的物质(高k’值)以馒头峰样被洗脱出，从而表现出一个逐步升高的基线。
使用循环溶剂，不提倡。未调整检测器。
检测器没有设定在大吸收波长处。
如果样品的检测效果不理想，可以从三个方面来考虑改变气相色谱仪检测条件：
调节气相色谱仪程序升温，如改变初始温度，调节升温流速都可以改变分离效果；
调节气相色谱仪流速，速率调小，分离度增加；
在改变以上两个条件仍然不能改变分离度的情况下，就要更换气相色谱仪色谱柱了，选用合适的色谱柱。
无论怎么优化，目的就是为了能较好的分离。

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