想申请ISO9001，一定要通过申请机构申请吗？还是可以直接自己申请？

这个是可以自己申请的，一个完整的认证全过程分为两部分，一是前期的企业准备过程，二是提交认证后的认证审核过程。
其中**部分可有两种不同的选择，一是企业自己根据标准建立体系，这个对企业的人员要求比较高，不但需要熟悉体系，还要了解认证机构的审核方法。确保企业有这方面的培训人员，审厂的时候企业也可以申请ISO体系认证，如果企业具备自己建立体系的能力，则可以自己进行相应工作；另外一种方法是，找一个认证咨询机构，协助您企业进行体系建立，毕竟认证咨询公司专业从事体系建立，并且都建立过很多不同类型的企业，所以他们做这个较专业，较容易通过认证审核。而且包能拿到证书，节省时间和人员开支，这些费用就等同于给咨询机构是一样的。
申请需要注意的有：现在中国境内ISO9000认证机构很多,首先选择国家认监委认可在中国有ISO9000认证资质的第三方认证机构,在其官网有下载专栏下载申请资料,然后按申请表格要求对应填写贵司企业情况,还需准备营业执照副本及组织机构代码证副本复印件加盖公司章(特殊行业需提供生产许可证复印件),最后和企业ISO9000体系文件提交给认证机构申请就好啦。