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Blocked Indicator Species Analysis
Dufrêne and Legendre’s (1997) method for Indicator Species Analysis can be adapted to a randomized block experiment or a paired-sample design.  The data are pre-relativized by species within blocks (or pairs), such that the sum across groups equals one for each block.  If a species is absent from a block, the abundances are maintained at zero.  The relativization alters the relative abundance portion of the Indicator Value (IV) index to focus on within block differences.  Then the ISA is run as usual.  The randomization test differs from regular ISA in that instead of an unconstrained permutation of group identifiers, groups are randomly permuted within blocks.

We also offer courses on how to use R efficiently, but there are always students without experience or who have not attended such a course, or regardless, still have problems with R and so in a classroom setting, they hold back progress.  Hence, in practical, hands-on courses that are also quite limited in time, students using PC-ORD can focus much more on the statistical and ecological background rather than by spending too much time with programming.

Two-way Cluster Analysis
The purpose of our two-way clustering (also known as biclustering) is to graphically expose the relationship between cluster analyses and your individual data points.  The resulting graph makes it easy to see similarities and differences between rows in the same group, rows in different groups, columns in the same group, and columns in different groups.  You can see graphically how groups of rows and columns relate to each other.  Two-way clustering refers to doing a cluster analysis on both the rows and columns of your matrix, followed by graphing the two dendrograms simultaneously, adjacent to a representation of your main matrix.  Rows and columns of your main matrix are re-ordered to

Principal Coordinates Analysis (PCoA)
Principal Coordinates Analysis is an eigenanalysis technique similar to PCA, except that one extracts eigenvectors from a distance matrix among sample units (rows), rather than from a correlation or covariance matrix.  In PCoA one can use any square symmetrical distance matrix, including semi-metrics such as Sorensen distance, as well as metric distance measures such as Euclidean distance.
科学软件网不定期举办各类公益培训和讲座，让您有更多机会免费学习和熟悉软件。

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