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Sequence Trimming
Automated DNA sequencers occasionally produce poor quality reads, particularly near the sequencing primer site, and toward the end of longer sequence runs. The sequences of clones from DNA libraries frequently contain vector sequence, polyA tails, or other unrelated sequence. Introns and primer sequence frequently flank the sequence of amplified exons. Unless removed by trimming, any of these artifacts will distort your sequence assembly and downstream sequence analysis.

Prior to executing a trim, Sequencher displays a graphic representation of the proposed trim, which allows you to even further refine your criteria.

If you want to restore a set number of bases on either or both ends of your trimmed sequences because your trim was too stringent or you want to improve coverage, Batch Revert Trim Ends lets you do  that. With  a few clicks, you can restore bases to  a few or a few thousand sequences, and get even more control over your sequence trims.

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
BLAST and Local-BLAST
BLAST这个工具经常被使用，但是有很多参数和选项，可能不会对每个内存都有影响。Sequencher Connections帮助您在较少的时间内做更多的事情，并比较您的结果。您想将结果与不同的设置进行比较吗？您想把您的搜索分成不同数据库供个人查询吗？也许近出版了一些东西，现在在数据库里，或者您知道一些关于您自己数据的新东西。连接允许您同时运行许多不同的数据库搜索，返回的结果与完成的速度一样快。然后，您可以保留所有的结果，并可以使用示意图。该示意图是一个平行的图形显示，把您的结果显示在所有分析中，对于一个序列来说，BLAST是不可能的。如果您能用一个序列来完成所有的事情，想想您在同一个会话中使用大量的序列时能做什么。


Primer-BLAST
使用Primer-BLAST分析序列并检查特。
并行分析-- 使用几组不同的设置集，在同一序列上运行，甚至在没有书写脚本的情况下，即使是不同的序列。单击一次就可以将数据保存到项目中。新的引物被自动标记为GenBank风格的特征键，使它们较容易在对齐中看到。这些引物通过方向进行颜色编码，以便于在使用它们的任何时候进行识别，并且您永远不会因为它们的命名约定而混淆它们。


MUSCLE和Trees
当您想在DNA序列中寻找保护区域时，让MUSCLE来实现。它比许多其他多序列比对较快速，精度较高。MUSCLE操作简单，与Sequencher Connections一起不仅可以看到对齐的区域，还可以看到矩形或圆形树格式的结果。您可以在同一组序列上设置几个MUSCLE运行，每个分析（或通道）设置为使用不同的参数。您想将不同的数据集保持在一起，但是运行相同的MUSCLE参数吗？将它们添加到相同的连接会话中，因为会话中的每一行可以包含不同的序列组。MUSCLE运行在不同的通道和行，并且可以比较，给您一个特数据视角。
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