保证正版 GPMAW使用手册

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Start by loading a sequence already saved in a file on the hard drive.

When reading back a sequence already saved in a sequence library, there is a difference between opening a library file containing a single sequence and one containing multiple sequences. If the library file contains a single sequence, it will be read into GPMAW immediately you select the file, while you will be asked to select a sequence from a list if the library file contains multiple sequences.

以上显示的，可以有多种配置方式：
显示1个或3个字母
平均质量/单同位素质量
固定残留物宽度
带有序列信息的提要栏
显示二硫化物桥、改性残留物等
通过**显示部分序列，您可以轻松获得给定肽的质量。为了便于导航，您可以使用特定颜色的残留物（提供三种不同颜色和下划线）。大多数设置可以很容易地在系统设置框中预先设置。
序列窗口形成父窗口，从中可以创建大量派生子窗口：
肽窗口
MS/MS窗口
批量搜索、合成搜索
图表：疏水性、二级结构、电荷与酸碱度、点图、α螺旋轮
肽窗口
肽窗口通常通过自动摘要命令从序列窗口中调用。但是，也有其他方法，如手动或半自动分裂。
以及精美的图片都可以轻松完成。
GPMAW程序主要是作为蛋白质和多肽质谱分析的工具。然而，许多其他生物信息学工具也已经包含在内，因此该程序的使用远远**出了简单的质量分析。
该程序可以运行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以运行在当前的64位版本上，但是还没有在这个平台上进行完整的测试。它也可以在Mac系统的Windows虚拟机上运行，但不能保证完全兼容。
除了ms/ms搜索，该程序不需要强大的处理器或快速硬盘，可以在任何系统上运行。运行ms/ms搜索您需要一个SVGA+分辨率的屏幕，或者您可以在上网本上运行它。
程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供，手册可以在下载。

肽窗口列出了从给定蛋白质产生的所有肽以及大量（>20）物理化学参数。
充电-单次/多次/负/正
肽数
位置
液相色谱指数
理论PI
布尔和布雷斯指数
序列-1/3字母等

肽可以通过部分解理生成（图中蓝色上标表示），改性界点、改性残渣，即使是部分修改也得到有限的支持。为便于在序列窗口中引用着色的特定残留物而被带到这个窗口。用户可以配置显示的实际参数。通过单击标题，可以对任何列进行排序。*二次单击将反转排序。通过工具栏和/或弹出菜单（鼠标右键单击），您可以访问与消化（如模拟的HPLC反相色谱图）或当前所选肽（MS/MS裂解、肽信息、电荷与ph图）相关的其他功能。
自GPMAW 6.20开始，用户可以修改定义的pka值，并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值？对于修改，这是相当简单的，每当它被定义在一个序列中时，pka值被纳入pi和电荷的计算中（也就是说，当残留物通过相关的修改进行修改时）。但是，对于mass文件，您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表，因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换，请输入系统设置，在对话框的页上，您将找到以下选择：

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