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．光合菌群（好气性和嫌气性）
　　如光合细菌和蓝藻类。属于独立营养微生物，菌体本身含60％以上的蛋白质，且富含多种维生素，还含有辅酶Ｑ10、**物质和促生长因子；它以土壤接受的光和热为能源，将土壤中的硫氢和碳氢化合物中的氢分离出来，变有害物质为无害物质，并以植物根部的分泌物、土壤中的**物、有害气体（硫化氢等）及二氧化碳、氮等为基质，合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、**物质和生理活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主要力量。光合菌群的代谢物质可以被植物直接吸收，还可以成为其它微生物繁殖的养分。光合细菌如果增殖，其它的有益微生物也会增殖。
２．乳酸菌群（嫌气性）
　　以嗜酸乳杆菌为主导。它靠摄取光合细菌、酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和**物的急剧腐败分解。乳酸菌能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使**物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。
３．酵母菌群（好气性）
　　它利用植物根部产生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖类及其它**物质产生发酵力，合成促进根系生长及细胞分裂的活性化物质。酵母菌在ＥＭ中对于促进其它有效微生物（如乳酸菌、放线菌）增殖所需要的基质（食物）提供重要的给养**。此外，酵母菌产生的单细胞蛋白是动物不可缺少的养分。
４．放线菌群（好气性）
它从光合细菌中获取氨基酸、氮素等作为基质，产生出各种抗生物质、维生素及酶，可以直接抑制病原菌。它提前获取有害霉菌和细菌增殖所需要的基质，从而抑制它们的增殖，并创造出其它有益微生物增殖的生存环境。放线菌和光合细菌混合后的净菌作用比放线菌单兵作战的杀伤力要大得多。它对难分解的物质，如木质素、纤维素、甲壳素等具有降解作用，并*被动植物吸收，增强动植物对各种病害的抵抗力和*力。放线菌也会促进固氮菌和ＶＡ菌根菌增殖。
VA菌根菌：即泡囊－丛枝菌根菌（Vesicalar-Arbuscular），是内囊霉科的部分真菌，它们与植物根系形成共生体系，参与影响根系对养分的吸收。
５．发酵系的丝状菌群（嫌气性）
　　以发酵酒精时使用的曲霉菌属为主体，它能和其他微生物共存，尤其对土壤中酯的生成有良好效果。因为酒精生成力强，能防止蛆和其他害虫的发生，并可以*恶臭。
６．双歧杆菌
　　物学家在研究肠道生理菌体外培养时发现，一些物质能显着促进双歧杆菌的生长，所以称双歧因子。这些物质计有：双歧因子I（人的初乳）、双歧因子II（多肽及次黄嘌呤）、胡萝卜双歧因子和寡糖类双歧因子。寡糖类双歧因子是一些不同类型的低聚寡糖，机体和一些有害细菌不能利用，但能促进双歧杆菌和一些乳酸菌的生长。
７．芽孢杆菌
以枯草芽孢杆菌为菌种，采用国内**的吸附载体发酵技术和低温干燥技术生产的一种微生态制剂。能调节动物肠道菌群平衡，改善肠道微生态环境，有效维持动物机体健康状况，提高动物对饲料的消化利用率并能提高机体*力、抗应激能力；减少使用或少用抗生素，是**、经济的绿色饲料添加剂产品。枯草芽孢杆菌菌体在生长过程中产生的枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质对致病菌或内源性感染的条件致病菌有明显的抑制作用； 枯草芽孢杆菌能*消耗消化道内环境中的游离氧，形成肠道低氧环境，促进有益厌氧菌生长，并产生乳酸等**酸类，降低肠道PH值，间接抑制其它致病菌的生长； 枯草芽孢杆菌能刺激动物*器官的生长发育，*淋巴细胞，提高*球蛋白和抗体水平，增强细胞*和体液*功能，提高群体*力； 枯草芽孢杆菌菌体能自身合成消化性酶类，如蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、纤维素酶等，在消化道中与内源酶共同发挥作用，提高饲料消化率； 枯草芽孢杆菌能合成多种维生素，提高动物体内干扰素和巨噬细胞的活性。