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PrimerPlex 多重PCR和高通量SNP基因分型和分析的Oligo设计
下一代测序分析
使用PrimePlex设计多重oligos,用于预先测序的样品制备和突变检测,如SNPs,DIPs(/插入多态性)和MNPs(多核苷酸多态性),就像点击几个按钮一样简单。
引物特
程序BLAST搜索在单个搜索运行中搜索多个序列。结果会自动解释,并在引物设计中避免识别出现的同源性,从而确保设计是高度特异的。
评估预设计的引物和探针
PrimerPlex可以使用预先设计的经过验证的oligos来构建复用集。在为每个序列了oligo之后,对它们的属性进行分析,并为发现的任何偏差提醒用户。对于预先设计的oligos不可用的序列,PrimerPlex设计它们,检查它们是否复用,并强调兼容性问题。然后用户可以决定接受这个设计或者创建一个单的池。这个功能在用户的手中提供了完全的控制。
添加MagPlex TAGs
该程序现在还支持一个MagPlex TAGs的数据库,以及MicroPlex xTAGs(以前称为FlexMAP TAGs),用于自动向每个ASPE引物添加适当的标签。标签是这样选择的,它们使二聚化小化,并且不折叠在它们所附着的oligo上。此外,用户可以覆盖程序的建议,并自己选择标签。如果标签不是的,或者选择的标签与oligo不兼容,PrimerPlex会向用户发出警报。
Next Generation Sequencing Assay
With PrimePlex, designing multiplex oligos for pre-sequencing sample preparation and mutation detection such as SNPs, DIPs (Deletion/Insertion Polymorphisms) and MNPs (Multiple Nucleotide Polymorphisms) is as easy as clicking a few buttons.
Primer Specificity
The program BLAST searches multiple sequences in a single search run. The results are automatically interpreted and the homologies identified are avoided during primer design, ensuring that the design is highly specific.
功能
多重SNP检测和高通量基因型
使用PrimerPlex,您可以设计SNP在旁侧的多重PCR引物、SNP在3’末端的ASPE引物以及SNPs在中心的捕获探针。PrimerPlex使您能够通过它们中每一个设计oligo,来检测一个中等大小的基因组序列的所有突变。检查这些引物和探针以进行复用,并显示佳可能的。
多重PCR引物设计
设计用于多重分析的引物集可能是一项具有挑战性的任务。PrimerPlex使用创新的和专有的算法来设计优的多重引物集,大限度地减少Tm失配所有的进行交叉反应分析,以确保特定和有效的扩增。您可以从一系列交替呈现的各种排序顺序中选择适合您的实验需求的。使用PrimerPlex,您可以灵活地设计引物,无论是朝向3'端,还是5'端,在这些端点的距离或序列内的任何地方。
对于SNP的基因型分析,该程序设计了引物旁侧突变,如SNPs、DIPs(/插入多态性)和MNPs(多核苷酸多态性)。
全面的分析支持
使用PrimerPlex为多重PCR、ASPE和直接杂交分析设计oligos。oligos被筛选为交叉反应性,以确保高信号强度,大限度地减少Tm失配。oligos筛选二聚体、运行和重复。
Multiplex PCR Primer Design
Designing primer sets that work well for a multiplex assay can be a challenging task. PrimerPlex uses innovative and proprietary algorithms to design optimal multiplex primer sets, minimizing Tm mismatches. All sets are analyzed for cross reactivity to ensure specific and efficient amplification. You can choose the set best suited for your experimental needs from a list of alternates presented in variously sortable order. Using PrimerPlex, you have the flexibility of designing primers either towards the 3' end, the 5' end, at a specified distance from these ends or anywhere within the sequence.
Next Generation Sequencing Assay
With PrimePlex, designing multiplex oligos for pre-sequencing sample preparation and mutation detection such as SNPs, DIPs (Deletion/Insertion Polymorphisms) and MNPs (Multiple Nucleotide Polymorphisms) is as easy as clicking a few buttons.
PrimerPlex 多重PCR和高通量SNP基因分型和分析的Oligo设计
功能
多重SNP检测和高通量基因型
使用PrimerPlex,您可以设计SNP在旁侧的多重PCR引物、SNP在3’末端的ASPE引物以及SNPs在中心的捕获探针。PrimerPlex使您能够通过它们中每一个设计oligo,来检测一个中等大小的基因组序列的所有突变。检查这些引物和探针以进行复用,并显示佳可能的。
多重PCR引物设计
设计用于多重分析的引物集可能是一项具有挑战性的任务。PrimerPlex使用创新的和专有的算法来设计优的多重引物集,大限度地减少Tm失配所有的进行交叉反应分析,以确保特定和有效的扩增。您可以从一系列交替呈现的各种排序顺序中选择适合您的实验需求的。使用PrimerPlex,您可以灵活地设计引物,无论是朝向3'端,还是5'端,在这些端点的距离或序列内的任何地方。
对于SNP的基因型分析,该程序设计了引物旁侧突变,如SNPs、DIPs(/插入多态性)和MNPs(多核苷酸多态性)。
全面的分析支持
使用PrimerPlex为多重PCR、ASPE和直接杂交分析设计oligos。oligos被筛选为交叉反应性,以确保高信号强度,大限度地减少Tm失配。oligos筛选二聚体、运行和重复。
Features
Multiplex SNP Detection and High Throughput Genotyping
With PrimerPlex, you can design multiplex PCR primers flanking the SNP, ASPE primers with SNPs at the 3' end and capture probes with SNPs at their center. PrimerPlex enables you to detect all the mutations of a medium sized genomic sequence by designing oligos for each one of them. These primers and probes are checked for multiplexing and the best possible set is displayed.
Multiplex PCR Primer Design
Designing primer sets that work well for a multiplex assay can be a challenging task. PrimerPlex uses innovative and proprietary algorithms to design optimal multiplex primer sets, minimizing Tm mismatches. All sets are analyzed for cross reactivity to ensure specific and efficient
"Beacon Designer software is an expert in qPCR primer design. All of the 16 primer pairs are excellent and worked well." -Dr. Hongning Wu, Shantou University, China.
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